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TDs de Microbiologie (4ème année pharmacie)


TDs de Microbiologie (4ème année pharmacie) 


 TDs de Microbiologie (4ème année pharmacie):

Introduction:
 La microbiologie est un domaine des sciences appliquées qui a pour objet les microorganismes et les activités qui les caractérisent. Plus spécifiquement, la microbiologie se consacre à l'identification et à la caractérisation des microorganismes ; à l'étude de leur origine et de leur évolution ; à définir leurs caractéristiques, les produits de leurs activités et leurs besoins ; et à comprendre les relations qu’ils entretiennent entre eux et avec leur milieu naturel ou artificiel.

Les micro-organismes appartenant à trois règnes présentant une structure cellulaire eucaryote ou procaryote, ou qui est acaryote, et qui est caractérisé par l'unicellularité, une taille microscopique ou ultramicroscopique, un potentiel métabolique et de reproduction, l'omniprésence et l'abondance. Les microorganismes sont répartis en cinq groupes, soit les algues, les protozoaires, les mycètes, les bactéries et les virus (acaryotes, soit sans organisation cellulaire). Les bactéries sont classées parmi les monères. Les algues unicellulaires font partie des protistes procaryotes. Les champignons unicellulaires, les lichens et les protozoaires sont des protistes eucaryotes. Les virus sont des acaryotes.

On parle aussi maintenant de « microbiologie moléculaire », dans le domaine des biotechnologies notamment

La microbiologie médicale est une branche de la médecine s'attelant à la recherche des microbes dans les prélèvements d'origine humaine dans le but de diagnostiquer des pathologies infectieuses associées.

Elle est dans certains pays une spécialité médicale à part entière (associée le plus souvent à l'infectiologie) et dans d'autres une sous-spécialité de la biologie médicale.

Elle se subdivise en :

    bactériologie médicale
    virologie médicale (les virus n'étant pas toujours considérés comme de véritables êtres vivants, certains auteurs les excluent du monde des microbes.)
    mycologie médicale
    parasitologie médicale (la parasitologie médicale n'est incluse que pour partie dans la microbiologie médicale étant donné la taille de certains parasites.)
Coloration de Gram:
Les bactéries étant en général quasiment transparentes, on commence par préparer un étalement (faire un frottis) sur lame de microscope auquel on applique une coloration de Gram. L'observation microscopique se fera à l'objectif x100 avec de l'huile à immersion. Les bactéries à Gram positif apparaîtront mauves alors que celles à Gram négatif apparaîtront roses. Il existe d'autres colorations, comme celle au vert de malachite permettant de mettre en évidence les formes sporulées. La coloration de Gram permet de déterminer le type de paroi cellulaire.

 Les TDs en Microbiologie : 

Cours de Microbiologie ( 4ème année)


Cours de Microbiologie  ( 4ème année)

Introduction:
 La microbiologie est un domaine des sciences appliquées qui a pour objet les microorganismes et les activités qui les caractérisent. Plus spécifiquement en pharmacie la microbiologie se consacre à l'identification et à la caractérisation des microorganismes ; à l'étude de leur origine et de leur évolution ; à définir leurs caractéristiques, les produits de leurs activités et leurs besoins , leurs métabolismes et à comprendre les relations qu’ils entretiennent entre eux et avec leur milieu naturel ou artificiel(en vitro et en vivo ).
 Cours de Microbiologie  ( 4ème année):

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-VIH 

Résumés des cours de MICROBIOLOGIE 4ème année pharmacie



Résumés des cours de MICROBIOLOGIE



Introduction à la Microbiologie:
       
La microbiologie est l’étude des organismes trop petits pour être vus à l’œil nu, les micro-organismes
.Leur taille est généralement inférieure à un millimètre : ils doivent être observés au microscope (photonique ou électronique) et cultivés dans des milieux permettant leur croissance et leur isolement.
.

 Résumés des cours de MICROBIOLOGIE :

-Streptococcaceae
-Staphylococcaceae
-Neisseriaceae
-Bacillus anthracis
-Listeria monocytogenes
-Pasteurellaceae
-Bordetella
-Gardnerella vaginalis
-Brucellaceae
-Francisella / Pasteurella
-Enterobacteriaceae: Esherichia coli
                                            Yersinia
                                            Salmonella
                                            Shigella 




NB: N'oubliez pas de souligner le genre et l'éspèce ,la 1ère lettre du genre s'écrit en majuscule , la 1ère lettre d'espece s'écrit en miniscule par exemple: Escherichia coli
et surtout attention aux fautes d'orthographe , les familles des bactéries generallement se terminent par "aceae" par exemple : Enterobactériaceae 
pour l'EMD , essayez d'apprendre tout :les caracteres morphologiques, biochimiques, culturaux ,antigéniques,pouvoir pathogene,la clinique,diagnostic ,traitement et prophylaxie,faire des tableaux comme ce résumé et bon courage à vous.

SYNTHESE microbiologie 4éme année


SYNTHESE

2008 – 2009

1. Un patient consulte pour une urétrite purulente aiguë

a. Quels sont les prélèvements à effectuer ?

Prélèvement urétrale, prélèvement du sperme, 1er jet urinaire

b. Quels sont les examens préliminaires à réaliser ?


Examen macroscopique et microscopique (Gram bleu de méthylène)

c. Quels sont les milieux de culture à ensemencer ?

GSC pour Neisseria gonorrhée

mycoplasma : milieu a base d’urée pr ureaplasma urealyticum
chlamydia ??
milieux pr ATB gramme ( MH)

d. Quel est le germe suspecté ?

Nesseria gonorrhoeae

2. Vaccins vivants atténués :

a. Citer les procédés d’atténuation utilisés

b. Citer les virus concernés

c. Quels sont leurs places dans le calendrier vaccinal Algérien ?

2009 – 2010

1-Classez les antiviraux selon les étapes de la multiplication virale:
-Donnez les différentes cibles moléculaires.
-Citez les virus concernés pour chaque cible avec un ex.
-Parmi ces virus quels sont ceux concernés par la vaccination, quelle est leur place dans le calendrier vaccinal.
2-Un patient âgé de 34ans présente une fièvre au long court.
-Quel est le prélèvement à effectuer pour le diagnostic direct.
-Citez les différentes étapes effectuées au labo.
3-Citez les bactéries responsables d'infections respiratoires basses communautaires.

AUTRES

**Synthèse :

1er cas clinique sur 10pts : Au service de réanimation un infirmier se pique accidentellement par une aiguille d'une seringue usée.
1-quels sont les VIRUS susceptibles d'être transmis?
2-quels sont els examens à demander et à quel moment ?
3-quels sont les techniques utilisées pour le diagnostic sérologique?

2èm cas clinique sur 10pts : un enfant de 5ans consulte pour une furonculose à répition:
1-quel est le prélèvement à effectué
2-quel est le genre le + probablement incriminé?
a- ses caractères morphologiques
b- caractères culturaux
c-principales substances élaborées
d- antibiotiques habituellement utilisés

**Synthèse 1 seule question sur 20

Donnez tout les micro organismes qui possèdent leur vaccin dans le calendrier algérien en mentionnant :

-          leurs aspect morpho tenctorial ( cela dépend si c un virus ou bactérie)

-           la maladie qu’ils causent

mycobacterium tuberculosis


Baccile gram+ *

Tuberculose

Poliovirus

Famille des picornaviridae

Virus nu a capside icosaédrique,a ARN monocatenaire

Poliomyélite

Virus de l’HB

F :hepadnaviridae


Virus envloppé a capside icosaédrique

a ADN

Hepatite b

Cotynebacterium diphtériae

Bacille gram+

Diphtérie

Clostridium tétani

Bacille gram+

Tétanos

Bordetella sp

Coccobacille gram+

Coqueluche

H influenzae

Bacille gram-

Otite moyenne aigue

Meningite

Inf génitale et néonatales

Virus morbilleux ou de la rougeole

Envloppé

Capside hellicoidale

ARN+

Rougeole

*elles ne st pas permeables a la coloration du gram a cause de la couche cireuse externe , mais st considérées comme des gram + vue l’absence de Mb


RATTRAPAGE

2008 – 2009

Un nouveau né de 06 jours présente une fièvre, une ponction lombaire est réalisée :

a. Quel est l’examen biologique à réaliser ?

b. Quels sont les germes suspectés ?

c. Y’a-t-il d’autres prélèvement à réaliser chez ce nouveau né ?

Au cours de son hospitalisation il présente une diarrhée aqueuse

a. Quel est le ou les prélèvements à réaliser ?

b. Décrire les étapes de diagnostic avec les germes recherchés

Au cours des différentes étapes du diagnostic aucune bactérie n’a était isolé

a. A quoi pensez-vous ?

b. Comment faire le diagnostic ?

2009 – 2010

Cas clinique N°1 : 12 points

Suite à la consommation d'un sandwich, un étudiant s'est présenté 24 heures à l'hôpital présentant une fièvre, vomissement, diarrhées, douleurs abdominales :

- quel est le diagnostic éventuellement suspecté. (Citer
1 seulement)

Gastro-entérite
- quel est l'examen microbiologique recommandé. (Idem)

Coproculture : examen cytobacteriologique des selles
- regrouper sous forme de tableau la liste des agents bactériens incriminés, les milieux de cultures utilisés, et l’aspect des colonies.
Voir cours copro
Cas clinique N°2 : 08 points
Un nouveau née est hospitalisé pour suspission de méningite bactérienne :
- Quels sont les prélèvements recommandés au laboratoires
ECB du LCR + HEMOCULTURE
- Quelles sont les bactéries incriminés ?
Enterobacterie à gram- E-COLI , strepto B, Listeria monocytogene
- Quels est leur aspects à la coloration de GRAM ?
E-COLI : coccobacille gram -
strepo b :  cocci gram +
listeria : bacille gram +

2010 - 2011

Question 1 (cas clinique 1) (10 pts) :

Un homme âgé de 19 ans se présente aux urgences médicale pour angine et altération de l'état général, l'examen clinique retrouve une angine à fausse membrane :
1)- quel est le prélèvement à effectuer ?

Prélèvement de gorge : écouvillonnage de la zone périphérique des fausses membranes  a la limite de la muqueuse saine
2)- quel est le germe suspecté ?

corynébacterium diphteriae
3)- existe-il un vaccin contre ce germe ? si oui ; dite quel est sa place dans le calendrier vaccinal ?

oui
a 3 moins -4 moins – 5 mois – 18 mois : en combinaison avec tétanos coqueluche
– 6ans : en combinaison avec tétanos ( pour enfant)
– 11 – 13 – 16 -18 , ts les 10ans : en combinaison avec tétanos ( adulte )

Question 2 (5pts) : diagnostic de l'infection à VIH chez le nouveau né ?

Étant donné que les Ac maternels transmis au NN ne disparaissent qu’après 15 à 18 mois après la naissance ce qui rend le diagnostic sérologique très difficile pendant cette période. On aura recour au  diagnostic direct qui est basé sur :

1/ L’amplification génique (PCR) : effectuée à partir :

-des lymphocytes (qui contiennent l’ADN proviral)
-plasma (qui contient l’ARN viral).
la PCR permet de déceler dans la majorité des cas, l’infection dans le premier trimestre de la vie et souvent dés la naissance.

2/ rechercher l’Ag viral par ELISA. La confirmation de L’infection par le VIH est assurée par la détection des Ac anti VIH après l’âge de 18 mois.

Question 3 (cas clinique 2) (5pts) :

3 flacons d'hémocultures ont été réalisé chez un patient fébrile depuis 5 jrs et ont donné le résultat suivant:
flacon 1 : Staphylococcus epidermidis
flacon 2 : Streptococcus pneumoniae
flacon 3 : Staphylococcus aureus
- interprétez ces résultats.

2012 - 2013

1/ epidemio de la grippe  (voir cours myxoviridae )

2/ dc en cas  de  femme enceinte vih1 ( voir crs VIH)

3/ donnez le nom du micro organisme responsable de meningite comunautaire et qui a 1 vaccin dans le calendrier algerien :  Haemophilus influenzae b 

-          aspect morpho     bacille gram –

-          milieu de culture        
bacterie exigeante :
nécessitant 2 facteurs X et V.
Milieu de culture gélose au sang cuit additionnée d’extraits globulaire
.




4/ Donnez sous forme de tableau toutes les bacteries responsables des infections respiratoires basse

Aspect morpho tinctorial

Milieux de cultures

-          trachéite : , s aureus , H influenzae , P aérogenosa

-          bronchite aigue  ; s pneumonea , H influenza

-          bronchite chronique ; s pneumonea , H influenzae , s aureus

-          pleuresie : enterobacterie , anaérobie , s pneumonea , H influenzae


-                     s pneumonea

-                     cocci G+

-                     GSF

-                     P aérogenosa

-                     BGN

-                     Milieux King A et B

-                     H influenzae

-                     BGN

-                     GSC+ extrait globulaire  Facteur X / V

-                     legionella pneumophilla

-                     BGN

-                     BCEYalpha

-                     -           coxiella bunicii

-                     BGN

-                      ??

-                     s pygene ( b )

-                     COCCI G+

-                     GSF

-                     s aureus

-                     COCCI G+

-                     GSF / GN

-                     mycoplasma pneumonie

-                     GRAM-

-                     Milieux complexes renferment le stérol ???

ENTEROBACTERIE                                               Bacille ou coccobacille             croissance facile sur
                                                                                   GRAM négatif                         géloses ordinaires

Anaérobie                                                                   BG+/ CG+                              Géloses Columbia